Vstup SR do Európskej únie (EÚ) bude mať dopad aj na štátny rozpočet (ŠR) krajiny, a to tak na strane príjmov, ako aj na strane výdavkov. Príjmovú stránku ŠR bude ovplyvňovať najmä proces harmonizácie daní, pričom rast sa bude týkať nepriamych daní. Harmonizácia dane z pridanej hodnoty bude znamenať vyššie príjmy ŠR a vyššiu cenovú hladinu, ktorá sa čiastočne priblíži priemeru EÚ. Spotrebné dane po harmonizácii by sa mali zvýšiť zhruba o 20 %. Naopak, v oblasti priamych daní by malo dôjsť k postupnému znižovaniu daňového zaťaženia fyzických a právnických osôb. Výdavkovú stránku ŠR budú ovplyvňovať najskôr predvstupové a neskôr štrukturálne fondy EÚ. Vyplýva to zo štúdie o ekonomických a sociálnych súvislostiach vstupu SR do EÚ, ktorú vypracoval Ústav slovenskej a svetovej ekonomiky Slovenskej akadémie vied (SAV).

Štrukturálne fondy budú pre Slovensko zdrojom prostriedkov až po vstupe do EÚ. V súčasnosti sa Slovensko podieľa na prostriedkoch z predvstupových fondov. Podľa štúdie celková suma predvstupovej pomoci Slovensku v rokoch 2001 až 2004 by mohla dosiahnuť 18 až 27 mld. Sk. V roku 2002 by Slovensko na základe podpísaných Finančných memoránd, ktoré zahŕňajú aj prostriedky z predchádzajúcich rokov, malo získať z predvstupových fondov EÚ 9,4 mld. Sk. Zabezpečenie spolufinancovania v roku 2002 by vyžadovalo vyčleniť vo výdavkoch ŠR sumu 4,8 mld. Sk.

Po vstupe do EÚ bude SR využívať zdroje zo štrukturálnych fondov a z Fondu kohézie. Podľa podpredsedníčky vlády pre integráciu Márie Kadlečíkovej hrozí riziko, že transfery z EÚ dosiahnu 4 % hrubého domáceho produktu (HDP), čo je maximálna hodnota, až v roku 2006 až 2007. Ministerstvo financií SR odhaduje, že príspevok SR ako nového členského štátu v roku 2004 by mal dosiahnuť približne 13 mld. Sk, čo je približne 1,1 % HDP. Definitívny rozsah príspevku sa určí až na decembrovom summite EÚ.

Najdôležitejšou úlohou pred vstupom do EÚ je príprava projektov na využitie prostriedkov zo štrukturálnych a kohéznych fondov. „Vďaka prostriedkom z fondov dôjde k vyššiemu ekonomickému rastu a budú pozitívne pôsobiť na regióny, ktoré patria medzi ekonomicky najslabšie,“ uviedla M. Kadlečíková. V roku 2000 predstavoval HDP na obyvateľa v Bratislavskom kraji dvojnásobok priemeru dosiahnutého v SR a viac ako trojnásobok HDP na obyvateľa v najmenej ekonomicky rozvinutom Prešovskom kraji. Podľa štúdie je rozhodujúcim determinantom rastu konkurencieschopnosti na Slovensku produktivita práce, ktorá v SR dosahuje zhruba polovičnú úroveň produktivity práce EÚ. Štúdia ďalej upozorňuje, že celková pripravenosť podnikovej sféry vstúpiť na jednotný trh EÚ je nedostatočná. Podľa prieskumu združenia európskych priemyselných a obchodných komôr Eurochambres v desiatich kandidátskych krajinách, takmer polovica slovenských firiem sa ešte nezačala pripravovať na vstup do EÚ. Napriek tomu, pokiaľ ide o perspektívy na jednotnom európskom trhu, až 64 % slovenských firiem je optimistických.