Výskumné programy spoločnosti Millenium sú sústredené do troch hlavných terapeutických oblastí – onkológia, zápalové a metabolické ochorenia.

Millenium Oncology s tímom výskumníkov a renomovaných odborníkov vyvíja produkty zamerané na rôzne druhy rakovinových ochorení. Za týmto účelom boli na trh uvedené produkty MelastatinTM a Campath®. Millenium vlastní jeden z najväčších priemyselných výskumných centier obezity, vďaka ktorému získava významné údaje. Partnerstvo s Abbott Laboratories je zamerané na výskum a vývoj terapeutických, farmakogenetických a diagnostických produktov určených na metabolické ochorenia, vrátane obezity a typu 2 diabetes.

Millenium predpokladá v roku 2001 uviesť na trh 12 produktov. Za týmto účelom spoločnosť vytvorila (a plánuje naďalej vytvárať) s poprednými farmaceutickými firmami viac strategických aliancií, akvizícií a fúzií ako ktorákoľvek iná biotechnologická spoločnosť. Sú do značnej miery orientované na spoločný výskum a vývoj v celkovej hodnote približne 1,8 mld. USD. V súčasnosti ich je viac ako dvadsať, pričom k najdôležitejším patrí strategická aliancia vytvorená so spoločnosťou AHP/Wyeth-Ayerst (American Home Products Corp.), ku ktorej došlo na základe akvizície firmy ChemGenics v roku 1997. Od roku 1998 Millenium intenzívne spolupracuje so spoločnosťou Bayer AG. Hodnota tejto spolupráce je 465 mil. USD vrátane 14%-ho podielu spoločnosti Bayer AG na vlastnom imaní Millennium Pharm., Inc. Nemenej významné sú i strategické aliancie so spoločnosťami Aventis Pharma, Eli Lilly and Comp., Monsanto, Genentech, ILEX Oncology, Schering AG/Berlex Labs, Abbott Laboratories, Kyowa Hakko Kogyo Co., Pfizer, Roche Bioscience, Taisho Pharmaceuticals, Warner-Lambert, Astra AB, Pharmacia Corp., Bristol-Myers Squibb.

Jednou z najdôležitejších bola v roku 1999 fúzia s firmou LeukoSite, Inc., ktorá podmienila i budovanie ďalších strategických aliancií a dopomohla spoločnosti Millennium Pharm. stať sa jednou z najvšestrannejších a najširšie zameraných biotechnologických spoločností.

Za rok 2000 výnosy spoločnosti vzrástli o 7% zo 183,7 mil. USD na 196,3 mil. USD. Vo svojej najnovšej výročnej správe spoločnosť uvádza, že približne 27% celkových výnosov dosiahla na základe strategickej aliancie s firmou Bayer AG, 22% na základe spolupráce s firmou Monsanto a 10% s Aventis. Vysoké náklady na výskum a vývoj spôsobujú, že spoločnosť v roku 1999 padla do obrovskej straty 352 mil. USD, ktorá v nasledujúcom roku poklesla o 14% na 309,6 mil. USD. Pod tieto výsledky sa podpísali najmä mnohé uzatvorené dohody o strategických alianciách a franchisingové zmluvy, ktoré spôsobili na jednej strane rast výnosov a na strane druhej i zníženie čistej straty ako výsledok vzájomného podieľania sa na výdavkoch výskumu a vývoja. Náklady na výskum a vývoj sa zvýšili o 68% na 268,7 mil. USD a potvrdzujú deklarovanú snahu manažmentu vytvoriť jednu z popredných výskumných a vývojárskych firiem vo sfére biotechnológií. Pozoruhodný je viac ako trojnásobný nárast celkových aktív z 541,6 mil. USD na 1,8 mld. USD.

Cena akcií sa za posledných 52 týždňov pohybovala v rozpätí 21,06 USD/akciu až 89,81 USD/akciu a od septembra 2000 systematicky klesá. V súčasnosti je na úrovni 22,38 USD/akciu a burzoví makléri radia svojim klientom kupovať. Trhová kapitalizácia je na hladine 4,52 mld. USD. Firma eviduje 1330 zamestnancov. V prvom polroku 2001 Millennium zvýšila svoje výnosy o 17% na 109,4 mil. USD. Čistá strata v porovnaní s rovnakým obdobím minulého roka poklesla o 13%. Analytici očakávajú v najbližších piatich rokoch 30%-ný ročný rast výnosov, čo je hodnota neprevyšujúca predpovede odvetvia ako celku.